O servidor NTP vêm junto ao pacote ntp, cuja instalação está descrita em Cliente NTP para linux. Neste documento, trataremos apenas da configuração do servidor. Toda configuração do servidor é feita através de um arquivo, geralmente localizado em /etc/ntp.conf. A principal opção que deve ser configurada é:

server: configura os servidores com os quais este servidor sincronizará a hora.

Podem ser configurados vários servidores, para redundância. Se um desses servidores for o principal, e desejamos que a sincronização sempre seja feita com ele caso ele esteja funcionando, adicionamos a palavra "prefer" a esta opção.

Exemplo:

server ntp.pop-go.rnp.br
server ntp.ansp.br prefer
server clock.isc.org

Caso seja utilizada uma fonte própria para gerar a hora, como um Global Positioning Service (GPS) por exemplo, a configuração é um pouco diferente. Devem ser colocados alguns servidores para redundância, mas sem a opção "prefer". Para informar ao servidor para usar uma fonte própria, use o comando "server 127.127.x.y". Neste caso, x indica o tipo de fonte que a ser usada, e y é um número de 0 a 3, para distinguir entre múltiplas fontes do mesmo tipo. A fonte principal deve conter a opção "prefer". Informações sobre os números de cada tipo de fonte podem ser encontradas aqui.

Além dela, existem algumas opções auxiliares. Por exemplo:

authenticate: indica se esse servidor tem autenticação. Seus parâmetros são yes ou no. A autenticação é usada para que os clientes que se conectam ao seu servidor saibam que o servidor é o que ele está esperando mesmo, e não um invasor. Não entrarei em muitos detalhes, pois no momento não usamos autenticação no nosso servidor.
Exemplo:

authenticate yes
authenticate no

keys: arquivo onde estão as chaves do servidor, caso seja usada autenticação.
Exemplo:

keys /etc/ntp.keys

Feito isso, você deve colocar o "daemon" do ntp em execução. Para isso, execute o comando "ntpd" com as opções desejadas. As mais comuns são:

-A: desabilita a autenticação no servidor.
-c config-file: determina o arquivo de configuração a ser usado. O default é /etc/ntp.conf.

Dessa forma a máquina já estará pronta pra responder solicitações dos clientes de sua rede.

Para maiores informações, visite ntp.org.